港澳通行证丢失后的补办流程如下：
在大陆地区丢失
携带本人身份证、户口薄、两张大一寸照片及其照片回执，到户籍所在地的公安局出入境管理处进行补办。
在港澳地区丢失
先报警，并获取报失证明。
凭报失证明前往香港中国旅行社办理证件补办手续。
提交香港警署报失证明、填写完整的《中华人民共和国入出境通行证申请表》、相关身份证明文件（如居民身份证、原《往来港澳通行证》的复印件、户口簿等）、彩色照片2张，并领取临时通行证。
最后，需亲往香港入境事务处办理离境手续，确认在港逗留期限后方可离港。
补办所需材料
《中国公民出入境证件申请表》（须按要求填写完整）。
近期照片（尺寸48X33mm，正面，免冠，蓝底，彩色）。
居民身份证、户口簿或其他户籍证明的复印件，交验原件。
书面的遗失声明。
工作单位意见（仅适用于已登记备案的国家机关人员、国有企业单位领导及银行、金融等部门工作人员）。
办理时限
在户籍地办理通常需要15个工作日。
在非户籍地办理通常需要30个工作日。
建议提前了解当地出入境管理部门的具体要求和流程，以确保补办过程顺利。
