在认缴制下，证明公司股东已实缴出资通常有以下几种方式：
转账凭证
股东向公司转入资金时，应明确标注资金用途为“投资款”。
银行流水记录可以作为资金转入的直接证据。
出资证明书
公司成立后应向股东签发出资证明书，记录股东的认缴和实缴出资额、出资方式和日期。
国家企业信用信息公示系统
公司每年应通过该系统公示年度报告，其中包含股东实缴出资额、时间和方式。
股东名册
有限责任公司应记录股东的认缴和实缴出资额、方式和日期。
年度审计报告
会计师事务所出具的审计报告中的资产负债表可以作为证明股东实缴出资的证据。
财务记账
公司应认真做好财务记账工作，确保资金存入公司账户并有相应的会计记录。
验资报告
完成注册资本实缴后，可向工商行政部门申请出具验资报告，该报告具有法律效力。
其他证明文件
如涉及非货币财产出资，应依法办理财产权转移手续，并有相应的法律文件作为证明。
请注意，以上信息基于最新的法规和实践操作，具体操作可能因地区和具体情形而异。如有疑问，建议咨询当地工商行政管理部门或专业律师获取最新指导
