新生儿办理农村合作医疗的流程如下：
办理入户手续
首先，为新生儿办理入户手续，取得本市户口，这是参加婴儿医疗保险的前提条件。
准备相关材料
需要准备的材料包括新生儿的出生证明、父母双方的身份证、户口簿等。
前往当地医疗机构或医保服务点
新生儿父母携带上述材料，前往户籍所在地的社会保障局或医保服务点，提出新生儿参保申请。
提交申请并等待审核
社保局或医保服务点的工作人员会对提交的材料进行审核，审核通过后，需要缴纳相应的参保费用。
制作并领取社保卡
审批通过后，制卡一般在半个月内完成。社保局工作人员会通知申请人领证，申请人收到通知后，可准时到社保局取卡，并办理社保卡激活手续。
领取就医凭证
领取门诊医疗的就医凭证，包括《社会保障卡》和《就医记录册》。
如有需要，还可以领取住院医疗的就医凭证，如《少儿住院基金医疗证》。
建议：
提前准备好所有必要的材料，确保材料的真实性和完整性。
提前咨询当地的社会保障局或医保服务点，了解具体的办理流程和所需材料，以确保办理过程顺利。
