马赫迪王国（1881-1899）
1881年8月，苏丹宗教领袖穆罕默德·艾哈迈德宣布自己是马赫迪（救世主），号召人民进行“圣战”，驱逐外国侵略者，建立“普遍平等，处处公正的美好社会”。1885年1月26日，反抗军攻陷首都喀土穆，杀死戈登（就是那个剿灭太平天国，清朝总兵加提督衔的英国殖民者）。
英埃共管苏丹（1899-1956）
1899年1月，英国与埃及签订《英埃关于共管苏丹的协定》，英埃共管苏丹，苏丹总督由英国人担任，名义上由埃及任命。
苏丹共和国（1956-1970）
1955年12月苏丹议会上下院通过宣布独立的决议。12月31日议会通过临时宪法。1956年1月1日，苏丹正式宣布独立，国名“苏丹共和国”。
苏丹民主共和国（1970至1985）
1969年5月25日，加法尔·尼迈里上校发动军事政变夺取政权，改国名为“苏丹民主共和国”。
苏丹共和国（1985至今）
1985年4月6日，阿布德·拉赫曼·苏瓦尔·达哈卜将军乘尼迈里外访美国时，发动军事政变推翻尼迈里政权，成立过渡军事委员会。1985年12月15日，将国名改回“苏丹共和国”。红色象征革命，白色象征和平，黑色象征属非洲黑色人种的南方居民，绿色象征北方居民所信奉的伊斯兰教。
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南苏丹自治政府（2005-2011）
南苏丹共和国（2011至今）
2005年1月9日，南北苏丹双方签署《全面和平协定》，结束长达二十一年的内战。协定赋予南苏丹地区的自治权，成立过渡性质的南苏丹自治区和自治政府，苏丹北部实施的伊斯兰律法在南方地区不适用，并同意签署了于2011年1月9日举行决定南苏丹地区是否独立的公民投票。2011年举行南苏丹独立公民投票。2011年1月30日公布的初步计票结果显示，98.83％参加公投的人支持独立。同年7月9日苏丹总统宣布正式承认南苏丹共和国，南苏丹正式成为非洲的第54个国家。2011年7月14日，第65届联合国大会纽约当地时间7月14日以鼓掌方式一致通过决议，正式接纳南苏丹共和国为联合国第193个会员国。
黑色部分象征南苏丹人民（以黑人为主），红色代表为自由而流的血，绿色代表土地，蓝色代表尼罗河，而黄星则象征伯利恒之星（南苏丹主要是信仰基督教和泛灵论，与主要是信仰伊斯兰教的苏丹不同。）。
附：南苏丹独立前各武装派别旗帜
南苏丹解放运动
苏丹人民解放运动（又称苏丹人民解放军）
南苏丹武装力量
南苏丹国防军——眼镜蛇派
