公司股东撤股时的清算流程主要依据《公司法》及相关法规进行，具体步骤如下：
调查公司财产状况并进行清理
清算组首先需要调查公司的财产状况，包括资产、负债等，并据此编制公司资产负债表、财产清单以及债权、债务目录。
制订清算方案
在编制完成公司财务会计报告后，清算组应制订清算方案，对债权和债务的收取和清偿做出具体安排。该方案需要提交给股东会议或相关部门批准。
提交股东会议或相关部门批准
对于股份有限公司，清算方案需要提交给股东大会通过；对于有限责任公司，则需要提交给股东会通过。若公司因违法而解散或破产，清算方案还需提交给有关主管机关确认。
申请宣告破产
如果在清算过程中发现公司财产不足以清偿债务，清算组应立即向当地管辖的人民法院申请宣告破产。若法院裁定宣告破产，清算组需将清算事务移交给法院。
股权转让
单个股东退股时，可以通过与其他新股东签订《股权转让协议》的方式进行，此时不需要进行整体清算。有限责任公司的股东之间可以相互转让全部或部分股权。
