二战末期，甘地从监狱中被释放出来，他到孟买与真纳会面，希望找到一个解决办法避免印度分裂成两个国家。但此时的真纳已经十分坚决了，他坚持巴基斯坦必须独立建国！
1947年6月2日，印度末代总督蒙巴顿告知甘地、真纳和尼赫鲁，英国政府将在8月15日把政权移交给两个国家：印度和巴基斯坦。
蒙巴顿还向英王乔治六世推荐真纳出任巴基斯坦第一任总理，虽然这只是走一个过场而已。
- 【真纳与妹妹，以及真纳的女儿】
1947年8月7日，真纳和妹妹、女儿以及几位亲信从德里出发，搭乘蒙巴顿的私人飞机前往卡拉奇。8月14日，在数百万名穆斯林的欢呼下，真纳宣布巴基斯坦独立！
巴基斯坦虽然已经建国，但要做的事还有很多很多。比如真纳希望将巴基斯坦建成一个世俗化的伊斯兰国家。他曾在建国前的制宪会上发表了一段讲话，大意是：
巴基斯坦人民是自由的，可以属于任何宗教、种姓或教义。巴基斯坦每个人都是国家的平等公民，从国家公民的政治意义上说，没有印度教徒，也没有穆斯林，因为那只是每个人的私人信仰……
他的这段讲话却引来了很大的反对声音。巴基斯坦之所以能够建国，正是用伊斯兰教、用穆斯林的力量，现在你过河拆桥，想把巴基斯坦建成一个世俗化的伊斯兰国家，我们这些穆斯林会答应吗！
在国父荣誉光环和世俗化国家的反对之声中，1948年9月11日，真纳在卡拉奇逝世，享年72岁，这时巴基斯坦建国才刚满一周年。
- 【巴基斯坦全国人民悼念真纳】
真纳的政治人生是矛盾的人生。他在英国受到自由主义影响，步入政治后崇尚世俗主义；为了建国不得不举起教派主义大旗，以宗教立国；最终却是为了建立一个世俗化的、民主的伊斯兰国家。
其实又不是矛盾的，你会发现教派主义、宗教立国等等不过是他的术、他的建国手段，而真正的大道是自由之民、民主之国。
