在侵占罪案件中，如果没有直接证据，但公安机关认为有犯罪事实发生，仍然应当立案侦查。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》和《中华人民共和国刑法》的相关规定，是否具有犯罪证据是侦查过程中需要查明的问题，而不是立案的标准。
在缺乏直接证据的情况下，可以依靠间接证据来互相印证，并排除其他合理性怀疑，从而锁定犯罪行为人的各个犯罪要素。这些间接证据可能包括：
行为人保管财物、拾到遗忘物或发现埋藏物的证据 。有人向行为人主张权利的证据
，即行为人需要证明其占有的财产是合法获得的。
行为人拒绝返还的证据。
被侵占财产的估价证据，以确定是否达到侵占罪的立案标准。
此外，对于职务侵占罪，如果证据不足，不能认定被告人有罪，应当作出证据不足的无罪判决。因此，在缺乏证据的情况下，应当积极寻找和收集证人证言、相关账目往来等间接证据，以形成完整的证据链，从而追究当事人的侵占罪刑责。
建议：
积极收集证据： 包括寻找目击证人、调取相关账目记录、收集物证等。 法律咨询
公安机关合作：与公安机关保持沟通，提供可疑行为的线索，协助公安机关开展侦查工作。
通过这些努力，即使在没有直接证据的情况下，也有可能通过间接证据认定侵占罪并追究行为人的刑事责任。
