国税稽核系统通过以下步骤进行比对：
数据采集
系统收集纳税人提交的财务报表、发票等数据。
税务机关使用防伪税控报税子系统和认证子系统采集发票存根联和抵扣联数据。
数据分析
利用大数据和人工智能技术对纳税人数据进行对比分析，识别异常情况。
对发现的异常进行深度分析，可能包括比对同行业数据、历史数据等。
发票比对
将纳税人申报认证的增值税专用发票抵扣联与存根联进行核对。
红字发票存根联与抵扣联也进行核对。
管理结构
实行两级数据采集和三级发票比对五级管理。
地市级、省级和国家税务总局分别对不同区域的发票进行比对。
结果反馈
分析结果反馈给税务部门，供其进行进一步核查。
整个比对过程旨在提高税务稽核的效率和准确性
