作废的凭证处理方式如下：
作废凭证的标记
进入填制凭证界面后，通过点击“抄首页”、“上页”、“下页”、“末页”按钮翻页查找或点击“查询”按钮输入条件查找要作废的凭证。
单击“制单”下的“作废/恢复”，凭证左上角显示“作废”字样，表示已将该凭证作废。作废凭证仍保留凭证内容及凭证编号，只在凭证左上角显示“作废”字样。作废凭证不能修改，不能审核。在记账时，不对作废凭证作数据处理，相当于一张空凭证。在账簿查询时，也查不到作废凭证的数据。
取消作废标志
若当前凭证已作废，用鼠标单击“制单”下的“作废/恢复”，可取消作废标志，并将当前凭证恢复为有效凭证。
凭证整理与删除
有些作废凭证不想保留，可以通过凭证整理功能将这些凭证彻底删除，并利用留下的空号对未记账凭证重新编号。操作步骤包括：进入填制凭证界面，单击“制单”下的“整理凭证”，选择要整理的月份，按“确定”后，显示作废凭证整理列表，选择要删除的作废凭证，按“确定”按钮，系统将这些凭证从数据库中删除掉，并对剩下凭证重新排号。
妥善保管与定期销毁
建议企业将作废发票单独存放，并做好登记记录，方便日后查阅和管理。
根据相关法律法规，企业可以定期对作废发票进行集中销毁。销毁方式可以选择碎纸机粉碎、专业机构销毁等，确保发票信息无法恢复。
部分行业或地区可能对作废发票的保存期限有特殊要求，企业应咨询当地税务机关，了解具体规定，并按规定期限保留作废发票备查。
审批与记录
作废凭证的处理需要经过严格的审批和记录，包括作废原因的说明、作废审批人的签字和日期等信息。
作废凭证的处理需要及时通知相关部门和人员，以避免对后续业务的影响。
与税务管理的关联
作废凭证必须符合税法规定，不能违反税法规定。
作废凭证必须经过合法程序，不能随意作废。
作废凭证必须及时处理，不能拖延时间。
作废凭证的处理必须记录清楚，不能有遗漏或错误。
通过以上步骤和注意事项，企业可以确保作废凭证得到合规、安全的处理，避免潜在的法律和财务风险。
