综合计算工时工作制是指分别以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间相同，即平均每日工作不超过8小时，平均每周工作不超过40小时。对于从事第三级以上（含第三级）体力劳动强度工作的职工，每日连续工作时间不得超过11小时，每周至少休息1天。
具体计算方法如下：
年度计算工作日
全年工作日为365天，平均日工资为标准工资/21.75天。
每月按实际工作日计算工作小时数，每月工作日为20.83天，每日工作时间不得超过8小时。
超出法定工作时间以外的工作视为加班，需要支付加班工资。
加班工资的计算
在综合工时制下，加班工资的计算方法和标准工时制相同。
加班工资按照不低于工资150%、130%、120%的比例支付。
综合计算工时制周期内的加班处理
综合计算工时工作制周期内的上班是在法定休假日的，以300%计算。
综合计算工时工作制周期内的总上班时间超过该周内（如一个月、一季度）的法定标准工作时间的，以超过部分的时间总数一起计算（不区分是否在休息日），以150%计算。
延长工作时间的限制
延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时，超过36小时的，加班费计算应仍以以150%计算。
休息与休假
即便申请综合计算工时制度，每周也应当至少保证员工休息1天，每天工作时间不适合超过11小时并且需要准确记录员工的工作时间。
建议
企业在实行综合计算工时工作制时，应严格按照相关法律法规进行计算和支付加班工资，确保职工的合法权益。
企业应确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准工作时间，并合理安排休息日，避免过度加班。
对于从事高强度体力劳动的职工，应特别注意每日工作时间不得超过11小时的规定，并确保每周至少休息1天。
