行政协议是否适用仲裁，在理论上存在着肯定与否定两种观点。（1）否定说认为，《仲裁法》（2017年）第2条明确规定，仲裁仅适用于平等主体之间发生的合同纠纷。而在行政契约中双方地位是不平等的。第3条也明确排除了“行政争议”。（2）肯定说又分为“直接适用”和“类比适用”两种解说。“直接适用说”认为，只要坚持司法审查最终原则，就允许仲裁。“从人民权利自主角度分析，不抵触法院作为司法机关以及保障人民诉讼权与权利救济等宪法基本要求下，仲裁也就不是宪法所禁止”。“不宜简单认为行政协议争议不能申请仲裁。当然，承认仲裁裁决仍应坚持司法最终原则。对经仲裁裁决后，如协议一方能够提出相应的证据证明裁决存在法定撤销情形的，仍可根据《仲裁法》（2017年）第 58 条等规定，向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销仲裁裁决”。“根据既判力理论，对仲裁裁决未予涉及或者处理的事项，或者非基于同一基础法律关系形成的诉讼请求，行政相对人仍可通过提起行政诉讼解决”。“类比适用说”的论证脉络大致是，行政协议作为公法上的契约，具有（近似）民事属性，所以，也可以仲裁。但是，“行政协议仲裁是一种‘类民商事仲裁’”，本质相同，“但又并非完全相同”。可以“类比适用民商事仲裁的相关规定”。
在我看来，肯定说不具有说服力。假如民间仲裁机构可以否定行政决定的效力，那么，它必然具有凌驾国家意思表示之上的决断权威，这无疑是很难想象的。即便是采用司法审查最终原则，允许通过行政诉讼校正仲裁裁决，让最后的决断权再次回到国家手里，这也不能证成仲裁本身的正当性。退一步说，假定这种推论能够成立，那么，行政诉讼上的所有行政争议都应该可以适用仲裁。事实却并非如此。更何况在实践中，双方有可能都接受仲裁裁决，不再诉诸行政诉讼，那么，“公法遁入私法”不可避免。这些都是“直接适用说”的“阿硫克斯之踵”。至于“类比适用说”，也不成立。如果说，作为“混合契约”，行政协议中的民事关系引发的纠纷可以适用仲裁，以此来论证行政协议中的行政争议或者整个行政协议也同样可以诉诸仲裁，无疑是以偏概全。这是“类比适用说”在推理上的内在缺陷。
在行政法上，行政争议之所以不能诉诸仲裁，是因为，第一，行政决定是行政权的行使，是国家意志的体现，其合法性只能由国家自身通过法定机关和程序推翻。第二，在解决行政争议中，重点是审查行政决定的合法性，也就是以依法行政的要求为准据，在维护客观法秩序、实现公共利益的前提下，解决双方争执。仲裁以私法的审理方式显然大异其趣，无法达成同样目标。
这是因为，首先，仲裁不对涉及行政性的部分进行合法性审查，对相关事实仅凭双方提供的证据做出判断。其次，遵从当事人意思自治，只要是双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的效力性强制规范，仲裁机构和民事法官一般都会倾向裁判合同有效。
《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》（2019年）第26条规定，“行政协议约定仲裁条款的，人民法院应当确认该条款无效”。
但是，1995年伊始，为了在基础设施建设上积极吸引外资，就允许外商投资特许权协议纠纷适用仲裁。因为“仲裁，尤其是国际仲裁可以超越行政区划和行政当事人来选择仲裁人员，被认为是一个比行政诉讼更有客观公正性的争议解决渠道”。所以，上述司法解释又规定了“但书”，“法律、行政法规或者我国缔结、参加的国际条约另有规定的除外”。然而，这条解释却引爆了仲裁领域的学者、投资人和律师。在他们看来，一方面，这样内外有别，差别对待不合理。另一方面，从2004年开始，从建设部印发的城市供水、管道燃气、城市生活垃圾处理协议三个示范文本看，都规定了仲裁。
实践上，长期以来，特许经营合同、BOT以及PPP纠纷都可以通过仲裁与民事诉讼解决，也没有发现什么不适宜。归根结底，是因为批评者认为，行政诉讼表现长期低迷，所以，不看好行政协议，更乐于接受民事救济。其实，在我看来，《行政诉讼法》（2017年）第12条第1款（十一）胪列的“政府特许经营协议”、“土地房屋征收补偿协议”，以及《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》（2019年）增列的“矿业权等国有自然资源使用权出让协议”、“政府投资的保障性住房的租赁、买卖等协议”、“符合本规定第一条规定的政府与社会资本合作协议”等有名行政协议，如果按照完全公法意义上的解读，认为上述行政协议形成的合同关系均为公法关系，产生的争议均为行政争议，很自然会依据《仲裁法》（2017年）第3条得出不得仲裁的结论。
但是，上述有名行政协议以往不少就是当做民事合同处理，其中内容也多为民事关系。如果人为地将其全部变为行政关系，参照适用民法，那么，很难说通为什么这些法律关系上的争议不得仲裁。因此，这种完全公法意义上的解读显然是有问题的。
在我看来，上述有名行政协议应当都是“混合契约”。这类协议恐怕不能简单地借用德国的隶属契约理论来解构，首先，德国人所认同的行政契约是否包括同样或者近似的种类形态，从现有文献上还无法做出判断。其次，它们也很难说是命令与服从结构之下的产物，是替代行政行为的一种方式，双方地位不对等。恰恰相反，从我国实践看，“混合契约”一般是行政机关与相对人处于平等地位你情我愿“谈出来的”。“混合契约”是以民事合同为底色，融入了一些公法约定，是兼有公法关系与私法关系的混合体。因此，对于其中发生的纠纷，如果仅仅只是民事争议，公法约定实际上处于“沉睡”状态；或者，发生的争议尽管涉及公法与私法，但是，完全可以分割处理，那么，对于有关民事争议，没有理由否定仲裁。但是，如前所述，如果纠纷涉及行政协议中的行政法上权利义务，则不能仲裁。延伸一步，如果在一个合同纠纷中交织着行政争议与民事争议，从技术上无法分割处理，也不适宜申请仲裁。在“六安市裕安区国土资源局、六安市德天置业有限公司申请撤销仲裁裁决特别程序民事裁定书”（(2019)皖15民特3号）中，民事法官也采取了近似的审查策略，指出“故不应将国有土地使用权出让合同简单纯粹的定性为民事合同或行政协议，将该合同引发的争议确定为民事纠纷或行政诉讼受案范围，而应根据合同约定内容反映的法律关系性质、所涉争议的具体性质及是否涉及行政优益权等多方面综合判定”。民事法官又结合涉案争议的性质，进一步指出，“现双方仅是基于土地所有权人代表身份与受让人身份而对合同应否解除、应否支付土地出让金及违约金等产生争议，该争议应属民事争议范畴，六安仲裁委员会有权就该争议事项进行裁决”。从公私合作的实践上看，与政府缔结何种性质的合同，主动权在相对人，后者具有完全的意思自治和契约自由。政府如果能够接受完全纯粹的民事合同，就属于行政法上的“利用私法手段达成公共任务”。比如，上述司法解释第2条（五）之所以在“政府与社会资本合作协议”之前限定“符合本规定第一条规定”，就意味着在法律上有着这样的合意空间和选择可能。如果一定要加入公法约定，相对人也可以与政府在民事属性的主合同之外，另行签订一个行政协议，事先做好技术上的分割。并且约定，在主合同上发生的争议允许申请仲裁、民事诉讼。
