企业合并的税务处理主要分为一般性税务处理和特殊性税务处理两种情况，具体规定如下：
一般性税务处理
合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础：
以被合并企业的原有计税基础确定。
被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理：
被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。
被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础：
以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。
合并后企业的税务事项处理：
合并后企业需要清算合并所得的财产，用企业的收入总额减去不征税收入、免税收入、各项扣除以及弥补亏损的余额，来计算企业所得税的应纳税额。
特殊性税务处理
适用条件：
企业合并适用特殊性税务处理，须同时符合《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）规定的条件。
计税基础：
合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。
亏损弥补：
被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继；可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。
股东股权支付：
企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，可以选择按特殊性税务处理规定处理。
其他税务处理事项
